Cudowny krucyfiks

Powstanie kościoła i klasztoru oo. Bernardynów w Leżajsku poprzedziły nadzwyczajne wydarzenia. W 1590 roku Tomaszowi Michałkowi, pracownikowi browaru leżajskiego, na pniu drzewa ściętego w gąszczu leśnym, objawiła się Matka Najśw. Maryja wraz ze św. Józefem. Podejrzany o herezję, został uwięziony i torturowany. Po wyjściu na wolność przyczynił się do wystawienia w lesie Bożej Męki, tj. osadzonego na drzewcu krucyfiksu. Do znaczonego w ten sposób miejsca pielgrzymować zaczęli ludzie z różnych, nierzadko odległych, zakątków kraju i Rusi, doznając w borze leżajskim najrozmaitszych łask. W celu położenia kresu kultowi, opartemu na nie sprawdzonych jeszcze przesłankach, Wyszograd zarządził podpalenie Bożej Męki.
Rozpętany na oczach pielgrzymów ogień nie strawił jednak krucyfiksu. Odtąd, uznawany za cudowny, stał się przedmiotem wielkiego kultu. 

Przeszklona kapliczka z krucyfiksem pochodzącym z pierwotnego miejsca objawień leżajskich

Z czasem został on umieszczony w przeszklonej kapliczce za głównym ołtarzem Bazyliki, gdzie pozostaje do dziś. Legenda głosi, że w znalezieniu odpowiedniej lokalizacji i planu świątyni pomogły kępki rumianku, które pewnego dnia o świcie zauważono w lesie. Zjawisko nieoczekiwanego pojawienia się kwiatów tego typu, w takim miejscu miano odczytać jako cud, a objęty harmonijnie prezentującymi się grządkami teren uznać za miejsce przyszłego kościoła. 

W 1928 r., w odpowiedzi na prośbę biskupów przemyskich, władz zakonnych i miejscowej ludności, papież Pius XI dekretem z dnia 10 lipca tego roku podniósł Kościół Ojców Bernardynów w Leżajsku do godności Bazyliki Mniejszej.

Przeszklona kapliczka z krucyfiksem pochodzącym z pierwotnego miejsca objawień leżajskich 

Po bokach przeszklonej kapliczki z krucyfiksem pochodzącym z pierwotnego miejsca objawień leżajskich umieszczone są figury kapłanów znanych ze Starego Testamentu - Aarona i Melchizedeka, wykonane w warsztacie Antoniego Osińskiego.